Das Umweltgutachten 2004 steht unter dem Leitgedanken »Umweltpolitische Handlungsfähigkeit sichern«. Der SRU sieht diese sowohl auf europäischer als auch nationaler Ebene in Gefahr. Im Hinblick auf die europäische Umweltpolitik warnt der SRU von Tendenzen der »weichen Rahmensteuerung« und einer zu starken Gewichtung wettbewerbspolitische Interessen. Hinsichtlich der in Deutschland stattfindenden Grundsatzdebatte über die Funktionsfähigkeit der bundesstaatlichen Ordnung rät der SRU der Bundesregierung, sich nachdrücklich der fortschreitenden Verlagerung umweltpolitischer Kompetenzen auf die Länder zu widersetzen und die Gesetzgebungskompetenzen des Bundes zu stärken. Insbesondere in den Bereichen Gewässer- und Naturschutz sieht er umfängliche Vollzugsdefizite, die durch detaillierte gesetzliche Vorgaben seitens des Bundes vermieden werden könnten und sollten.
Weitere Schwerpunktthemen des Gutachtens sind Klimapolitik, Naturschutz, Landwirtschaft, Gewässerschutz, Luftreinhaltung, Lärmschutz, Abfallwirtschaft, grüne Gentechnik, Chemikalienpolitik, neue gesundheitsbezogene Umweltrisiken und umweltpolitische Governance.