Für den SRU steht bei der Bewertung der Risiken der Atomenergie die Entsorgungsfrage im Vordergrund. Zwar gibt es bei allen betriebenen Atomkraftwerken Restrisiken wie die Möglichkeit einer Kernschmelze und deren Folgen, aber durch Nachrüstungen ist eine weitere Reduzierung der Restrisiken erfolgt.
Die Entsorgung radioaktiver Abfälle ist hingegen weiterhin prinzipiell unbefriedigend geregelt. Sie betrifft Zeiträume von mehr als zehntausend Jahren und besitzt ein hohes Schadenspotential. Eine Abschätzung des Gefährdungspotentials über einen derartig langen Zeitraum hinweg ist nahezu ausgeschlossen. Dass die Bundesregierung das ungelöste Entsorgungsproblem als Grund für eine Aufgabe der Nutzung der Atomenergie ansieht, ist nach Auffassung des SRU legitim.